При переходе на активное питание (45 стадия развития), под сформированной жаберной крышкой симметрично, с обеих сторон головы, располагаются четыре жаберные дуги, разделенные широкими жаберными щелями. Жаберные дуги вытянутой округлой формы, их основой является развивающийся гиалиновый хрящ, вокруг которого располагается надхрящница из молодой соединительной ткани. Следует отметить, что длина жаберных дуг у предличинок сильно варьирует: длина первой жаберной дуги составляет от 746, 48 до 218, 24 мкм, второй жаберной дуги - от 456, 56 до 213, 28 мкм, третьей - от 340, 72 до 172 мкм, четвертой - от 273,86 до 127, 28 мкм. У большинства предличинок сибирского осетра четвертая жаберная дуга еще не полностью обособлена и отделена.
В крупных кровеносных сосудах, проходящих внутри дуг, присутствуют элементы крови. Среди эпителиальных клеток, покрывающих жаберные дуги, находятся слизистые клетки, количество которых незначительно.
Практически от всех жаберных дуг вентрально отходят филаменты (в среднем, по 15 штук), напоминающие пальцевидные выпячивания длиной от 150, 48 до 49, 2 мкм. Наибольшей длины филаменты достигают в средней части первой жаберной дуги, а на четвертой дуге зачастую они отсутствуют. На филаментах, в основном, первой и второй жаберных дуг сформировались ламеллы в воде небольших выступов длиной около 24 мкм. На каждом филаменте их насчитывается по 11 - 15 ламелл. Основа филаментов и ламелл представлена молодой соединительной тканью, окруженной многослойным эпителием (толщиной в среднем 68, 44 мкм), в котором на данной стадии не более 3х слоев. Высота дыхательного эпителия варьирует от 123, 2 до 88, 0 мкм. Дыхательный эпителий представлен кубическими респираторными клетками, между которыми встречаются круглые слизистые клетки, количество которых незначительно.
В целом, у всех предличинок сибирского осетра (Acipenser baeri) на 45 стадии развития наблюдалась сходная картина строения жаберного аппарата, но на некоторых препаратах выявлены существенные отличия в развитии дыхательной системы. Наблюдались аномалии в строении (отсутствие жаберных щелей, развитие не всех четырех жаберных дуг, у некоторых недоразвитие филаментов), по сравнению со строением жабр большинства предличинок сибирского осетра.